Tänases praktikumis

R Markdown

R Markdown (laiendiga .Rmd) on failiformaat, mis kombineerib markdowni teksti- ja R-i koodikirjutamise võimalused, s.t et dokumenti on võimalik lihtsalt põimida teksti, koodi, jooniseid, tabeleid, analüüsi ja selle väljundeid, ilma et teksti loetavus kannataks. Samuti võimaldab R Markdown paindlikkust, nt kui oma andmetes midagi muudate, ei pea te hakkama eraldi uuesti tegema kõiki graafikuid, jooniseid jm, vaid piisab sellest, kui jooksutate korra oma Rmd-faili.

R Markdowni väljundformaadiks võivad olla nii HTML, PDF, MSWord, slaidid, kodulehed jne.

R Markdown ühendab endas kolme asja: markdown, knitr ja pandoc.

• Markdown on lihttekstivorming, milles teksti vormistamise nn “kellad ja viled” on minimeeritud, samuti ei ole selles kasutatud raskesti loetavaid märgendeid, nagu nt html-formaadis (ehkki markdownis saab kasutada ka html-i süntaksit).
• Knitr on R-i pakett, mis töötleb ja jooksutab dokumendis olevat koodi (teeb Rmd-laiendiga markdowni failist md-laiendiga markdowni faili).
  
• Pandoc teeb dokumendist nõutud failiformaadi (teeb md-laiendiga failist html-i, pdf-i, docx-i vm).

# Installi pakett
# install.packages("rmarkdown")

R-is uue Rmd-faili tegemiseks mine File -> New File -> R Markdown. Seejärel sisesta oma dokumendi nimi ja autor ning vali formaat, millena soovid dokumenti lõpuks vormistada.

Avaneb uus fail, kus on kolme kriipsu vahel päis (seal võib nt kuupäeva ära kustutada ning nii dokumendi nime kui ka autori nime muuta jms), sellele järgneb R-i plokk setup, kus saab täpsustada R-i koodiplokkidele terves dokumendis kehtivad omadused (nt jooniste suuruse, koodi kuvamise jne). Selle ploki võib ka ära kustutada ning määrata omadused koodiplokkides eraldi. Eraldi määratud omadused tühistavad setup ploki vastavad sätted. Vaikimisi peaks olema selles plokis nt määratud, et kood on alati nähtav (echo = TRUE), aga kui määrata mingis koodiplokis eraldi (echo = FALSE), siis selle ploki koodi ei näidata (näidatakse nt ainult väljundit või jooksutatakse koodi lihtsalt taustal ja ei kuvatagi midagi). Sellest lähemalt osas Koodiplokid.

Ülejäänud tekst failis on sissejuhatav näidistekst, mille võib samuti ära kustutada.

Pealkirjad, loetelud, trükikirja stiil

NB! Loetelud võiks eelnevast tekstist eraldada tühja reaga ning iga loetelu elemendi lõppu lisada kaks tühikut. Vastasel juhul võib tekst jääda lihtsalt ühele reale.

Lingid ja pildid

Tabelid

Koodiplokid

Eri formaatide tegemine

NB! Pdf-dokumendi tegemine nõuab lisaks ka TeXi installimist, mis on nn tekstilao (typesetting) süsteem.

# Kui sul pole juba arvutisse installitud nt MiKTeXi või MacTeXi, siis võid installida TinyTeXi.
# install.packages("tinytex")
# tinytex::install_tinytex() 

Ülesanne

Laadi alla kaust RMarkdowni_ylesanne ning proovi saada R Markdowni abil tekstist failis markdowni_tekst.txt ja koodist failis markdowni_kood.R samasugune fail nagu html-failis ylesanne_markdowniga.html.